Epigenetiğin Gizemli Dünyasını Aydınlatın
Hipermetilasyon ve Hipometilasyon: Denge Değiştiğinde
Metilasyon seviyesindeki değişiklikler, gen fonksiyonlarını doğrudan etkiler:
- Hipometilasyon (Az Metilasyon): Normalde susturulmuş olması gereken genlerde metilasyonun azalmasıdır. Bu durum, genin kontrolsüz bir şekilde aktivasyonuna ve ekspresyonunun artmasına neden olabilir. Kanserle ilişkili genlerin bu şekilde aktive olması, genomik kararsızlığa ve hastalığın ilerlemesine zemin hazırlayabilir.
- Hipermetilasyon (Aşırı Metilasyon): Gen ekspresyonunu kontrol eden promoter bölgelerinde anormal düzeyde metilasyon birikmesidir. Bu durum, özellikle tümör oluşumunu baskılayan genlerin susturulmasına yol açarak kanser gelişiminde önemli bir rol oynar.
Bu hassas denge bozulduğunda, hücresel işlevler zarar görür ve hastalıklar ortaya çıkar. Bu nedenle, metilasyon durumunu doğru ve güvenilir bir şekilde analiz etmek, biyobelirteç keşfi ve hastalık mekanizmalarının aydınlatılması için büyük önem taşır.
qPCR ile Metilasyon Analizi
DNA metilasyon profilini belirlemek için en güvenilir yöntemlerden biri olan Gerçek Zamanlı PCR (qPCR) tekniğini kullanıyoruz. Bu analiz, iki temel adıma dayanır:
- Bisülfit Dönüşümü: DNA örneğiniz, kimyasal olarak özel bir işlemden (bisülfit dönüşümü) geçirilir. Bu işlem, DNA’daki metillenmemiş sitozinleri urasile dönüştürürken, metillenmiş sitozinleri olduğu gibi bırakır. Böylece, DNA’nız artık metilasyon durumuna göre farklı dizilimlere sahip olur.
- Hedefe Özgü qPCR: Bisülfit dönüşümünden sonra, sadece metillenmiş dizilere özgü primerlerle ve sadece metillenmemiş dizilere özgü primerlerle olmak üzere iki ayrı qPCR reaksiyonu kurulur. Bu iki ayrı reaksiyon, örneğinizdeki metillenmiş ve metillenmemiş DNA miktarını hassas bir şekilde ölçmemizi sağlar.
SYBR Green Yöntemi ile Kantitatif Analiz
Analizlerimizde, çift sarmallı DNA'ya bağlandığında floresan sinyal yayan SYBR Green boyasını kullanıyoruz. Bu yöntem, her PCR döngüsünde oluşan DNA miktarını doğrudan izleyerek hedef dizinin bolluğu hakkında bilgi verir.
% Metilasyon Hesaplaması:
SYBR Green ile yapılan çalışmalarda, bir referans gen (genellikle metilasyona uğramayan bir gen) ile birlikte, hem metillenmiş hem de metillenmemiş primerler kullanılarak elde edilen Cq (kantifikasyon döngüsü) değerleri, aşağıdaki gibi karmaşık bir formülle yüzde metilasyon oranını belirlemek için kullanılır:
Yüzde Metilasyon (%) = (2^(Cq,unmethylated) / (2^(Cq,methylated) + 2^(Cq,unmethylated))) x 100
Bu formül, metillenmiş ve metillenmemiş DNA miktarlarını hassas bir şekilde karşılaştırarak genin metilasyon durumuna dair güvenilir bir yüzde değeri sunar.
Yenilikçi Araştırmalar
NORTHBIOME, yenilikçi araştırmalar yaparak bilim dünyasına katkıda bulunmaktadır. Her proje, bilimsel bilgi birikimimizi artırmayı hedeflemektedir.